いやー、焼きが回ったものです。

ショック。PCRの設定をし損なっていました。

エクステンションが2分のつもりが2秒ってどんなPCRだ・・・。
こういう不注意をしでかすようになるとは、私も焼きが回ったものです。とほほ。

でも、一つだけ発見がありました。PCRといってもBigDye3.1の1/4希釈でシーケンス反応をやってたのですが、
16キャピラリーのうちテンプレートを100ng以上入れていたサンプルでは500bp以上、QV20以上で読めていたんです。
歩留まりが悪すぎるのでPCRを確認したら、プログラムが間違ってセットされていたのに気づいたのですが。

つまり、うまいこと至適条件に当たると、通常のプロトコルでは4分間要求されているエクステンションが数秒で済むんですね。
最近はエクステンションが1−2分でも700bp位は問題なく読めるのがわかっているので、
例え1サイクルあたり最大2分節約できても50分くらいの短縮にしかならないんですが。
今夜はエクステンションを30秒にして再チャレンジです。

メーカーによればTaq polymeraseの平均的な伸張速度は1,000base/min位と言われていますが、
効率をあまり気にしなければ、特に工夫をせずにもっと早くPCRできるのかもしれません。特に、
5μLの反応系でインサートの確認のためにコロニーPCRをするような場合で、反応液全量をアガロースゲルで流しちゃって良いのであれば。

さて、明日はラボの毒劇物＋指定化学物質の棚卸しです。ヨウ素や硫酸銅が劇物なのは仕方ないとして、今年度から調査・
報告項目が増えてホウ酸までが報告対象になっていたような。TBE用に山ほど在庫があって半端に開封されてるボトルも複数あり・・・さて、
どうしたものか。

そうそう。シーケンスがらみのお話では、4/16のNatureにジェームズ・
ワトソンのホールゲノムショットガンをたった2ヶ月で完了したという記事が出ていた。去年からやるとは言っていましたが。
これは記事と言うより454 life science社のシーケンサーの広告ですね。
スポンサーがお金を出して無料で公開するのがふさわしい論文だと思います。

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