Methods
昨日、"受託DNAシーケンスも価格破壊"というエントリーで、これは、ダイターミネーターの最後の一花なのだろうか？ 今の蛍光シーケンサー用の試薬は製造を止めて売り切れ御免か？ 近く、従来型のシーケンサーでワンパス\500といわず、次世代シーケンサーで、…
受託DNAシーケンスも、ちょっと前まで１パス\1,000位が相場だったが昨年から\700位になっていた。で、今日教えてもらったのが、インビトロジェンのサービスで96穴１プレートでシーケンス反応からの受託で\46,000、サンプルあたり約\479（ただしキャンペーン…
育種学会第116回講演会を聞きに行った。で、Association analysisあるいはAssociation mappingに関する発表があったのだけれど（ひょっとしたら、このblogをご覧になっているあなたの発表かもしれません）、どうも”煮込み方”が足りないという印象。とある発…
水稲の生育モデルを探している。SIMRIW: Horie et al. 1987ORYZA1: Kropff et al. 1994あたりが有名どころかと思ったら、改良版にあたるORYZA 1N（Aggarwal et al. 1997. リンク先の論文はSwine et al. 2006. DOI: 10.2134/agronj2006.0204)というものもある…
マイクロアレイのデータ処理方法の解釈を間違ってた。以前のエントリーでは、聞きかじりでQuantile normalizationの操作を、シグナル強度を対数変換（底は2）する 75%点のシグナル強度の対数値でシグナル強度の対数変換した強度を割る 個々のプローブの価を…
今週は9年ぶりくらいにマイクロアレイを使った実験をしている（昔の仕事。今では主成分分析は当たり前になっていますが、実に原始的ですなぁ）。今回は、複数の処理間の比較を相互にしたいので一色法(One color)で実験した。実験は生物研のマイクロアレイラ…
世間ではインド、ムンバイ市でおきた同時多発的テロ事件のニュースが流れている。280人以上死傷（うち101人死亡）とのこと。大惨事だ。---Ding et al. (2003)によれば、RCAで増幅したプラスミドの分枝状コンカテマーで酵母の形質転換が可能とのこと。Two-hyb…
タンパク質の相互作用を調べるのに、Yeast Two-hybrid system (YTH)が使われてきた。もともと転写因子など核タンパク質の相互作用を調べるためのシステムなのだが、トウモロコシの種子貯蔵タンパク質間の相互作用解析などにも応用範囲は広がってきている。だ…
東洋紡の耐熱性DNAポリメラーゼでKOD FKで出芽酵母のコロニーPCRをしてみた、というお話。これまで同じく東洋紡のBlend Taqで大腸菌や酵母のコロニーPCRをしていました。大腸菌は問題が発生することはまずありませんでしたが、酵母は冷蔵庫で数日プレートを…
SDS-PAGE用のサンプル抽出法としての酵母タンパク質のalkaline prep. オリジナルKushnirov, V. Rapid and reliable protein extraction from yeasthttp://www3.interscience.wiley.com/journal/72504790/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0改良版von der Haar, T. O…
いやー、時代の変化を感じます。 職場のメールアドレスにとある雑誌がPubMedにインデックスされたよ、と言うメールが出版社から送られてきたのですが、 Journal of Visualized Experiments (JoVE) is the first video journal for biological research accep…
温故知新のプロトコルの紹介。 昔々、GIBCO-BRLのホームページでPEG沈殿によるDNAのサイズフラクションの方法を書いた短い論文が出ていた。1998年にダウンロードしたと思しきタイムスタンプのPDFが手元にある。 今でも掲載されているかな？と思ってGoogle sc…
Google earthで見るとシカやウシの寝るときの方角が、地磁気の磁極を向く傾向があるというニュースが今日のトレンド。 オーストラリアや南米のウシはどっちを向くんだろう。 ヒトは、というと日本では北枕はいけないというが、その根拠は定かで無い。 さて、…
古い論文ですがオープンアクセスになっているのでメモ。 Micro-homology mediated PCR targeting in Saccharomyces cerevisiae. P Manivasakam, S C Weber, J McElver, and R H SchiestlNucleic Acids Res. 1995 July 25; 23(14): 2799– 2800. PCR産物両末端…
以前試供品をもらって放ってあったPCR精製キット "MSB Spin PCRapace" を使ってみた。よくあるPCR精製キットは、 PCR反応液を結合バッファーで希釈し、 遠心や減圧濾過でスピンカラム内のメンブレンに吸着させ、 洗浄液で洗浄し（Qiagenは1回+カラのカラムで…
Transformation-Associated Recombination (TAR) もどきのクローニングを試みている。 たまたまコンピテントセル（というかOD600を3.5-5にあわせただけの酵母培養液、BY5677株）があまったので、Ura3遺伝子の一部を仕込んだプライマーでPCRして線形化した自…
お暑う御座います。実験室の空調も設定温度で28度。 実際の室温はと申しますと、これはもう労働安全衛生法の事務所衛生基準規則第二章事務室の環境管理 第五条の規定に御座います通り、28度以下でなくてはいけない、ということになっておりますので・・・え…
アグロバクテリウム法による植物の形質転換用バイナリーベクターについてのレビューがある。 Lee, L.Y and Gelvin, S.B. (2008) T-DNA Binary Vectors and Systems, Plant Physiology 146:325-332http://www.plantphysiol.org/cgi/content/full/146/2/325 Ta…
uneyamaさんの食品安全情報blog経由。 http://www.eurekalert.org/pub_releases/2008-03/uoia-uoi030608.php植物性乳酸菌 Lactobacillus plantarum でダイズを発酵させると、アレルゲン性が低下する。 目標はアレルギーのヒトに対するゼロトレランスの達成だ…
慣れないベクターのコンストラクション中。酵母の2μm ori とTEF1p-EM7p-ZeoR-CYC1TTのPCR産物をOverlapping Fusion-PCRで融合した。条件決めのために色々論文をあさってみたものの、” 私の条件では２つのフラグメントの重複はたかだか20bpなのでこの論文のは…
実験の小ネタ紹介。いずれ書きたいと思っていたネタです。 以下に紹介する核酸のアガロースゲル電気泳動の方法は次の状況が当てはまる方にはお勧めしません。 TAEやTBEで不自由していない方 1kb以下のDNAフラグメントを頻繁に電気泳動するけれども、時間には…
PRISM 3100が子供の玩具に見える。454 life scienceのシーケンサーや、solexa までもが既に旧式のDNAシーケンサーになる。そんなシーケンサーをアメリカのPacific bio社が2010年発売を目指して開発中とのこと。1時間で1,000億塩基(100Gbp)、しかも1分子由来…
発色系メーカー：名称：型番：容量：価格：メモALP ナカライ：BCIP-NBT溶液キット： 03937-60：200ml (10x10cm膜x4)：12,000円：高感度 フナコシ：Alkaline Phosphatase Substrate Kit, AP NEW Magenta (3 Component System)：APNM-0100-3C： 容量は4x100ml?…
ボチボチ研究者モードに戻らないとなぁ。2年間現場を離れている間の試薬屋さんの合従連衡の激しいこと。 Amersham-pharmaciaは今やGE ヘルスケアだし、クロンテックは宝バイオだし、Molecular probesはInvitorogenだし。試薬会社のブックマークを作り直さな…
AFLPベースの網羅的発現解析の手法が日本で開発された。HiCEP(High Coverage Expression Profiling)という。 前回は測定器としてDNAシーケンサーを使う手法との比較を試みたが、今回は網羅的遺伝子発現解析プラットホームの標準として普及しつつあるDNAマイ…
AFLPベースの網羅的発現解析の手法が日本で開発された。HiCEP(High Coverage Expression Profiling)という。 手法の特徴としては、高感度、高再現性、ゲノム情報のそろっていない生物種にも適用可能という。ブレークスルーは、従来のAFLPベースの手法(cDNA-A…
